باهنر، فعال و تحلیلگر سیاسی، اخیراً در اظهاراتی به بررسی ادعای وجود تعداد زیادی جاسوس و خائن در ساختار حکومتی ایران پرداخت. وی با طرح این پرسش اساسی که «اگر این همه جاسوس و خائن در کشور وجود دارد، پس مملکت در پنجاه سال گذشته چگونه اداره شده است؟» به چالش کشیدن این روایت پرداخت. او در ادامه سخنان خود تأکید کرد که اگر یک دولتمرد یا حتی یک رئیس‌جمهور واقعاً جاسوس بوده باشد، می‌توانست در همان دوره هشت‌ساله مسئولیت خود، کشور را به طور کامل فلج کرده و آن را به ویرانی بکشاند. این اظهارات باهنر در حقیقت انتقادی بر روایتی است که گاهی در محافل سیاسی و رسانه‌ای داخلی مطرح می‌شود و بر وجود نفوذ و خیانت گسترده در نهادهای حکومتی تأکید دارد. از دیدگاه وی، این گونه القائات و بزرگ‌نمایی‌ها در مورد نفوذ گسترده، ریشه در ترفندهای دشمن دارد و هدف آن ایجاد بدبینی و تضعیف روحیه ملی است. باهنر با این تحلیل، سعی در شفاف‌سازی و مقابله با فضایی دارد که ممکن است منجر به بی‌اعتمادی عمومی نسبت به ساختارها و مسئولین کشور شود و از این طریق، بر ضرورت هوشیاری در برابر جنگ روانی تأکید می‌کند.